いつの間にかこんな便利な設定ができるようになっていたんですね。
私は主にTaskChuteからノートリンクを使って、Evernoteのノート（チェックリスト）を参照しているのですが、この設定が可能になる前は少し不便な思いをしていました。
Evernoteのクライアントで作業をしながらTaskChute上のノートリンクを開いた場合、クライアントのノート参照画面が強制的にリンクしていたノートと入れ替わってしまうのです。
つまり、リンクしていたノートを見た後に、元々作業していたノートをまた選び直すという手間がありました。
「他のアプリケーションからノートリンクを開く際～」のチェックをオンにすると、ノートリンクしているノートが個別にポップアップされるようになるので、とても便利です。
Evernoteのノートリンク機能を多用している方で、まだこの設定をされていない方がいましたら、すぐに設定することをおすすめします。